가금류에서 장내 바이러스 질환을 방제할 수 있는 더 나은 방법을 찾기 위해서 미 농무부 과학자들은 메타지놈학 (metagenomics)이라는 강력한 신 분자기술을 사용해서 가금류에서 기존에 알려져 있는 바이러스와 미지의 바이러스를 찾아왔다.
매년 조류장염치사증후군 (poult enteritis mortality syndrome), 조류장염복합체 (poult enteritis complex), 왜소발육지연증 (runting-stunting syndrome) 같은 장애가 칠면조와 병아리들에 설사를 일으켜 체중 감소, 치사, 생산 비용 증가를 초래한다. 장내 질병에 여러 가지 바이러스가 관련되어 있으나 단일 원인 인자가 발견된 적은 없었다.
단일 생명체 내에 있는 유전자들을 특성화하기 위해서 하는 전통적인 서열분석 (sequencing)과 달리 메타지놈학은 전체 군집 내에서 수천 가지 생물들의 핵산을 검출한다. 조지아州 아덴스 (Athens)에 있는 ‘농업연구청 (Agricultural Research Service)’ ‘남동부 가금연구실험실 (Southeast Poultry Research Laboratory)’의 ‘풍토성 가금류 바이러스 병 연구단 (Endemic Poultry Viral Diseases Research Unit)’의 수석 연구원 Laszlo Zsak은 미래에 항미생물 응용 가능성을 갖고 있을 것으로 기대되는 새로운 바이러스를 발견했다. 농업연구청은 미국 농무부 소속 주요 연구 기관이다.
Zsak과 역시 아덴스에 있는 농업연구청 미생물학자 Michael Day는 새로 발견된 바이러스의 짧은 DNA 서열 하나를 발견하고서 그 전체 지놈의 서열을 분석하기 위해서 한 가지 기술을 고안했다. phiCA82라는 그 바이러스는 자연에서 세균을 죽이는 바이러스 종류에 속하며 마이크로파지 ("microphages") 또는 파지 (phages)라는 집단에 속한다. 이 바이러스는 잠재적으로 항생제를 대신할 수 있으며 여러 항생제에 복합 저항성을 가지고 있는 병원체와 싸우는 도구로 이용될 수 있다.
그 연구에서 과학자들은 장내 질병에 감염된 미국 상업 가금류 무리에서 수집된 가금류의 장 시료에서 핵산을 추출하여 분석하였다. 새로운 파지 외에도 아스트로바이러스 (astrovirus), 레오바이러스 (reovirus), 로타바이러스 (rotavirus)와 같은 일반조류바이러스들과 피코르나비리대 (Picornaviridae) 科에 속하는 RNA 바이러스들이 검출되었다. 그러나 과학자들은 피코비르나바이러스 (picobirnavirus) 같이 이전에는 알려지지 않았던 칠면조 바이러스를 발견하고서 놀랐다. 피코비르나바이러스는 다른 농업 동물에서 장내질병을 일으키는 바이러스로 알려져 있었다. 또한 사람의 장내 질병과 자주 관련이 있다고 알려진 칼리시바이러스 (calicivirus)도 발견되었다.
초기 연구에서 Zsak과 Day는 메타지놈학을 이용해서 처음으로 신종 닭 파르보바이러스 (parvovirus)의 전체 지놈을 동정하여 분석하였다. 그들은 또 조류에서 바이러스를 검출하는데 고도로 민감하면서 특이적인 PCR-중합효소연쇄반응법을 개발하기도 했다.
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